<div dir="ltr"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jul 17, 2008 at 9:41 AM, Fernando Perez &lt;<a href="http://fperez.net">fperez.net</a>@<a href="http://gmail.com">gmail.com</a>&gt; wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
On Thu, Jul 17, 2008 at 12:13 AM, Arnar Flatberg<br>
<div><div></div><div class="Wj3C7c">&lt;<a href="mailto:arnar.flatberg@gmail.com">arnar.flatberg@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Thu, Jul 17, 2008 at 2:12 AM, Fernando Perez &lt;<a href="http://fperez.net" target="_blank">fperez.net</a>@<a href="http://gmail.com" target="_blank">gmail.com</a>&gt;<br>
&gt; wrote:<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On Wed, Jul 16, 2008 at 1:11 AM, Arnar Flatberg<br>
&gt;&gt; &lt;<a href="mailto:arnar.flatberg@gmail.com">arnar.flatberg@gmail.com</a>&gt; wrote:<br>
&gt;&gt; &gt; Hi,<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Interactive matplotlib shuts down on me.<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; I&#39;m sorry, I do not have an example to reproduce the error. I don&#39;t even<br>
&gt;&gt; &gt; have a feeling when it happens. However, better to get it reported than<br>
&gt;&gt; &gt; be<br>
&gt;&gt; &gt; quiet,right?<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; I am using ipython from trunk (0.9.0.bzr.r1016 on python2.5, ubuntu 8.04<br>
&gt;&gt; &gt; x86) and when working interactive with matplotlib (-pylab) I have (just<br>
&gt;&gt; &gt; a<br>
&gt;&gt; &gt; couple of times) recieved the warning:<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Warning: Timeout for mainloop thread exceeded<br>
&gt;&gt; &gt; switching to nonthreaded mode (until mainloop wakes up again)<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; After this warning, the matplotlib figures will no longer show or an<br>
&gt;&gt; &gt; empty<br>
&gt;&gt; &gt; figure pops up. Well, I am guessing my pylab thread got killed, right?<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Mmh, I haven&#39;t seen that. &nbsp; That &nbsp;warning comes from a refactoring<br>
&gt;&gt; that Ville did a few months back to make the threaded code supposedly<br>
&gt;&gt; more robust. I&#39;m sure he&#39;ll be able to provide some further info. &nbsp;He<br>
&gt;&gt; might be able to suggest how to trigger a failure, case in which we<br>
&gt;&gt; could try to fix it further.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; We&#39;ll see where this goes after feedback from Ville (or anyone else<br>
&gt;&gt; who&#39;s knowledgeable on the matter).<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; Regards,<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; f<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks for the response Fernando. I still cant give a reproducible example<br>
&gt; of failure. But the same thing happened to me yesterday, and at least I was<br>
&gt; paying more attention this time. I do not know if it helps but this is my<br>
&gt; typical scenario of mentioned problem:<br>
&gt;<br>
&gt; 1.) I have worked in the ipython shell for quite some time (4-5 hours)<br>
&gt; 2.) I work with fairly large datasets (500 MB - 1.5 GB), and quite a few of<br>
&gt; them<br>
&gt; 3.) I have a cocurrent R-session through rpy<br>
&gt;<br>
&gt; Now, the above mentioned warning happened after I was looking up a function<br>
&gt; signature (of a local python package) with `?`. There was a period of about<br>
&gt; 5 seconds of wait (processing, nothing happens) before the warning pops up.<br>
&gt; Also, ipython freezed when quiting (q), I had to kill the session myself.<br>
<br>
</div></div>Here&#39;s a suggestion:<br>
<br>
around line 430 in IPython/Shell.py, change the &#39;5&#39; in:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;# first make sure the message was received, with timeout<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;received_ev.wait(5)<br>
<br>
to 10 or so. &nbsp;This makes ipython wait a bit longer for the gui thread<br>
before declaring it dead. &nbsp;It&#39;s possible that with such large<br>
datasets, certain operations are taking a bit long, or that you&#39;re<br>
going into swap. &nbsp;This might help... &nbsp;But I&#39;m shooting a bit in the<br>
dark here, so let us know how it goes.<br>
<br>
Cheers,<br>
<font color="#888888"><br>
<br>
f<br>
</font></blockquote></div><br>I&#39;ve changed the timeout to 10 s, I&#39;ll let you know if it plays out well.<br><br>Thanks,<br>Arnar<br></div>